原因ほぼ判明。これを発見したのはIDE1,2ポートとIDE3ポートで繋ぎ変えてのことなので一部疑問がなくはないが、BIOSベース(IDE1,2のプライマリマスタ)とOSベース(IDE3のマスタ)では、同じ切り方をしてもなぜかパーテーションテーブルに書き込まれる情報が異なるようなのである。BIOSで切ってコケたディスクのパーテーションはなぜか不正な容量の二個に切れて見える(2個分合計すると正しい容量を超える)し、それをOSで切り直してプライマリマスタに繋ぐと、パーテーションテーブル不正と言ってきてCDからでさえ起動してくれない。
サービスパックを当てたWin2000インストールCDを用意するのに加え、さらにレジストリを弄ってBigDriveサポートを生かさないとならないいう話もあったので試すつもりでいたのだが、この状態になるともはやBIOSではにっちもさっちもできなくなるようなので、なんとかして160GBのディスクを起動用にできないかと悪あがきするのを諦めた。orz
ディスクのハードウェアには不具合はないみたいなので、この160Gディスクはエロデータ入れにすることに決定。orz
そういうわけで今からしばらくの間は各種ソフトのインストールと再セットアップに追われる予定です。orz